Třetí série
- s Wraithy zastavenými od napadení Země a Mléčné dráhy a dalším neúspěchem s wraithským retrovirem, začíná expedice svůj třetí rok v galaxii Pegasus, se vznášející se hrozbou Wraithů a nových mocných nepřátel, kteří touží po zničení expedice a Atlantidy, Asuranů nad hlavou
- věci se komplikují poté, co pokažený experiment vysává energii jediného ZPM Atlantidy
- krátce poté nalézá tým podplukovníka Shepparda na palubě Daedala, ztracenou antickou loď a následovně přichází o Atlantidu, když si ji posádka antické lodi vyžádá nazpět
- Asurané pozabíjejí všechny Antiky, kteří město po 10 000 letech převzali
- hlavní členové expedice Atlantida poruší přímé rozkazy a jdou zpět do města, zachrání Atlantidu, generála O'Neilla i Richarda Woolseyho a zničí veškeré Asurany (replikující se nanity), kteří kontrolovali město
- onec série začíná se Zemí, která vysílá vesmírnou loď Apollo, aby zničila asuranskou armádu vesmírných lodí, kterou si Asurané budují kvůli útoku na Zemi nebo Atlantidu